0
  • 聊天消息
  • 系统消息
  • 评论与回复
登录后你可以
  • 下载海量资料
  • 学习在线课程
  • 观看技术视频
  • 写文章/发帖/加入社区
会员中心
创作中心

完善资料让更多小伙伴认识你,还能领取20积分哦,立即完善>

3天内不再提示

NVIDIA Clara Parabricks助力基因组学和药物研究

NVIDIA英伟达企业解决方案 来源:NVIDIA英伟达企业解决方案 作者:NVIDIA英伟达企业解 2022-02-17 11:07 次阅读

世界上最大的遗传学研究鉴定数据库使科学家能够访问NVIDIA Clara Parabricks,以加速推进基因组学和药物研发领域的发展。

英国生物样本库(UK Biobank)通过让其庞大的数据集和 NVIDIA GPU 加速分析工具在云上可用,使科学家能够访问更多高质量基因组数据和分析。

英国生物样本库是一个大规模的生物医学数据库和研究资源平台,拥有来自英国各地超过50万名参与者的去标识化基因数据集以及医学成像和病例数据,使用者涵盖全球范围内25,000多名注册研究员。

再生元遗传学研究中心(Regeneron Genetics Center)是生物技术领军企业 Regeneron 的高通量测序中心。该中心最近与英国生物样本库合作,对所有生物库参与者的外显子组(基因组蛋白质编码部)进行了测序和分析。

Regeneron 的团队在外显子组测序流程中采用了 NVIDIA Clara Parabricks,这是一款对下一代测序数据进行二级基因组分析的软件套件。

英国生物样本库已经发布了45万个此类外显子组,以供获批的研究人员使用,如今还通过其基于云的研究分析平台,为科学家提供六个月免费使用 Clara Parabricks 的机会。此研究分析平台是由生物信息学平台 DNAnexus 开发的,让科学家能够在 AWS云中使用运行于 NVIDIA GPU 之上的 Clara Parabricks 。

英国生物样本库副首席执行官 Mark Effingham 博士表示:“正如 Regeneron 所展示的那样,使用 Clara Parabricks 的 GPU加速,可实现大规模处理基因组数据集时所需的吞吐量、速度和再现性。英国有许多研究团队都非常希望能够在我们的平台上使用这些加速功能,以获取广泛的数据集。"

Regeneron的外显子组研究借助Clara Parabricks加速

Regeneron 的研究员使用 NVIDIA Clara Parabricks 的 DeepVariant Germline Pipeline ,借助专门针对该遗传中心工作流程的模型来运行分析。

研究人员确定了1200万个编码变体和数百个与健康相关的基因,某些基因与肝病和眼病的风险增加有关,而其他基因则与糖尿病和哮喘的风险降低有关。

研究人员用于高质量变异体检测的独特工具集可通过研究分析平台(Research Analysis Platform)提供给英国生物样本库的注册用户,进而使科学家能够通过运行用于生成初始参考数据集的生物信息学管道,将自己的外显子组数据与来自英国生物样本库的测序外显子组数据相协调。

基于云的平台可提高访问的公平性

研究人员在破译人类以及感染人类的病毒和细菌的基因密码时,往往会受制于自身可用的计算资源。

英国生物样本库正在通过向全球科学家开放其数据集,实现访问的民主化,重点是进一步扩大处于职业生涯早期以及中低收入国家的研究人员使用的范围。研究人员无需下载这一巨大的数据集,通过网络浏览器进入英国生物样本库的云平台,就能在自己的计算资源上使用。

Effingham 说道:“有研究员和临床医生与我们联系,他们希望访问英国生物样本库的数据,但却苦于连处理小规模数据所需的基本计算能力都不具备。而基于云的平台则能够提供访问大规模外显子组测序和全基因组测序分析所需的世界级技术。”

Effingham 表示,使用该平台的研究员只需支付自身分析的计算成本、以及存储生物样本库PB级数据集生成的新数据的费用。

在 DNAnexus 平台上使用 Clara Parabricks 有助于减少这种基因组分析的时间和成本,在5分钟内就能完成在32-vCPU机器上需要花费一小时计算的全外显子组分析,同时也能降低大约40%的成本。

外显子组测序为精准医疗提供洞察

对于研究遗传学和疾病之间联系的研究员,外显子组测序是一个重要的工具,而英国生物样本库的数据集就包含近50万参与者的外显子组。

外显子组约占人类基因组的1.5%,由所有已知的基因及其调控因子组成。通过研究大量人群的外显子组遗传变异,科学家可以更好地了解人群结构划分,帮助研究员解决进化问题并探究基因组的工作原理

利用像英国生物样本库这样的大规模数据集,还能确定与遗传疾病相关的特定基因变异,包括心血管疾病、神经退行性疾病和某些癌症。

Effingham 表示,外显子组测序甚至还能揭示潜在的遗传驱动因素,这些因素可能会增加或减少个人因COVID-19感染而患严重疾病的风险。随着疫情的持续,英国生物样本库正在向其数据库中添加COVID病例的数据、疫苗接种状态、医学成像数据、以及数千名参与患者的愈后情况。

原文标题:英国生物样本库利用 NVIDIA Clara Parabricks 推进基因组学研究

文章出处:【微信公众号:NVIDIA英伟达企业解决方案】欢迎添加关注!文章转载请注明出处。

审核编辑:汤梓红

声明:本文内容及配图由入驻作者撰写或者入驻合作网站授权转载。文章观点仅代表作者本人,不代表电子发烧友网立场。文章及其配图仅供工程师学习之用,如有内容侵权或者其他违规问题,请联系本站处理。 举报投诉
  • 数据
    +关注

    关注

    8

    文章

    7220

    浏览量

    89971
  • NVIDIA
    +关注

    关注

    14

    文章

    5093

    浏览量

    104068
  • gpu
    gpu
    +关注

    关注

    28

    文章

    4807

    浏览量

    129597

原文标题:英国生物样本库利用 NVIDIA Clara Parabricks 推进基因组学研究

文章出处:【微信号:NVIDIA-Enterprise,微信公众号:NVIDIA英伟达企业解决方案】欢迎添加关注!文章转载请注明出处。

收藏 人收藏

    相关推荐

    NVIDIA使用加速计算与AI推动精准医学发展

    在加利福尼亚州圣克拉拉举行的精准医学世界大会上,NVIDIA 因推动了医学成像、基因组学、计算化学和 AI 驱动机器人技术的发展而受到表彰。NVIDIA 创始人兼首席执行官黄仁勋荣获“Luminary award”。
    的头像 发表于 02-17 17:14 286次阅读

    NVIDIA RTX赋能AI工作站加速数据科学工作流程

    各行各业都在借助 AI 实现转型,以提高竞争力和运营效率。在零售业中,聊天机器人正在简化用户的产品库存搜索。在金融服务业,基于 AI 的工具正应用于欺诈检测。而在医疗健康领域,AI 正在帮助从基因组学中发现新的见解,从而改善患者的治疗效果。
    的头像 发表于 02-08 10:01 202次阅读
    <b class='flag-5'>NVIDIA</b> RTX赋能AI工作站加速数据科学工作流程

    NVIDIA携手行业巨头,共促医疗健康产业变革

    近日,NVIDIA宣布了一系列新的合作伙伴关系,旨在通过前沿技术推动医疗健康与生命科学产业的变革。此次合作,NVIDIA将携手行业内的领先机构,共同加速药物发现、提升基因组
    的头像 发表于 01-20 14:02 174次阅读

    NVIDIA AI Foundry服务助力药物和医疗设备开发

    IQVIA、Illumina、妙佑医疗国际和 Arc 研究所借助 NVIDIA AI 和加速计算技术,推动规模达 10 万亿美元的医疗健康与生命科学产业的变革
    的头像 发表于 01-14 16:21 216次阅读

    NVIDIA携手多家机构推动医疗健康产业变革

    合作的目标直指规模高达10万亿美元的医疗健康与生命科学产业。NVIDIA将凭借其强大的AI和加速计算技术,助力合作伙伴在药物发现、基因组研究
    的头像 发表于 01-14 14:28 852次阅读

    NVIDIA 携手行业领先机构推动基因组学药物发现及医疗健康行业发展

    ——NVIDIA 今日宣布新的合作伙伴关系,旨在通过加速药物发现、提升基因组研究,以及利用代理式和生成式 AI 开创先进医疗服务,推动规模达 10 万亿美元的医疗健康与生命科学产业的变
    发表于 01-14 13:39 122次阅读
    <b class='flag-5'>NVIDIA</b> 携手行业领先机构推动<b class='flag-5'>基因组学</b>、<b class='flag-5'>药物</b>发现及医疗健康行业发展

    NVIDIA AI正加速推进药物研发

    在当前的医疗健康领域,AI 的重要性愈发凸显。NVIDIA AI 正加速推进药物研发,致力于减少药物的研发时间和成本,使更多的老年患者能够更快获得关键治疗。
    的头像 发表于 11-19 16:07 348次阅读

    NVIDIA AI助力日本制药公司推进药物研发

    制药公司、医疗技术公司和学术研究人员正在开发主权 AI 能力,以驱动药物发现、加速基因组学和医疗设备。
    的头像 发表于 11-19 15:40 463次阅读

    使用原代肿瘤细胞进行药物筛选的数字微流控系统

    肿瘤的精准医疗能够为癌症患者量身定制治疗策略,并确保最佳预后。迄今为止,大多数精准疗法都是基于每个患者的基因突变位点设计,部分药物对某些基因突变的患者产生最佳治疗效果,但对发生其他突
    的头像 发表于 11-18 10:05 844次阅读
    使用原代肿瘤细胞进行<b class='flag-5'>药物</b>筛选的数字微流控系统

    NVIDIA加速计算技术助力癌症研究

    总部位于英国的维康桑格研究所的 DNA 测序实验室每年分析数以万计的基因组,为癌症的形成和治疗效果提供洞察。
    的头像 发表于 10-29 15:01 359次阅读

    NVIDIA Parabricks v4.3.1版本的新功能

    NVIDIA Parabricks 扩大了 NVIDIA 利用深度学习解决基因组学挑战的范围,持续推动基因组学仪器的发展。
    的头像 发表于 09-10 10:22 487次阅读
    <b class='flag-5'>NVIDIA</b> <b class='flag-5'>Parabricks</b> v4.3.1版本的新功能

    助力科学发展,NVIDIA AI加速HPC研究

    科学家和研究人员正在利用 NVIDIA 技术将生成式 AI 应用于代码生成、天气预报、遗传和材料科学领域的 HPC 工作。
    的头像 发表于 05-14 09:17 494次阅读
    <b class='flag-5'>助力</b>科学发展,<b class='flag-5'>NVIDIA</b> AI加速HPC<b class='flag-5'>研究</b>

    NVIDIA AI助力百余家公司加速药物研发创新

    药物研发领域,NVIDIA的AI技术正发挥着日益重要的作用。Cadence、Iambic Therapeutics等超过100家公司已采用NVIDIA的AI解决方案,推动计算机辅助药物
    的头像 发表于 03-27 10:31 501次阅读

    NVIDIA BioNeMo全新基础模型拓展对计算机辅助药物研发的支持

    Cadence、Iambic Therapeutics 等 100 多家公司采用 NVIDIA AI 来推动计算机辅助药物研发和生成式 AI 的发展。
    的头像 发表于 03-25 11:01 567次阅读

    超微量分光光度计检测方法研究

    超微量分光光度计目前成为现代分子生物实验室常规仪器,广泛应用于生命科学实验室蛋白质基因组学等领域。
    的头像 发表于 03-19 15:08 614次阅读
    超微量分光光度计检测方法<b class='flag-5'>研究</b>