0
  • 聊天消息
  • 系统消息
  • 评论与回复
登录后你可以
  • 下载海量资料
  • 学习在线课程
  • 观看技术视频
  • 写文章/发帖/加入社区
会员中心
创作中心

完善资料让更多小伙伴认识你,还能领取20积分哦,立即完善>

3天内不再提示

对新辅助TCHP治疗响应的HER2+乳腺癌空间蛋白质组特征

上海生物芯片 来源:NanoString生物技术微信公众 2023-12-26 16:52 次阅读

新辅助TCHP治疗是早期HER2+乳腺癌的一项标准治疗策略,约有三分之一患者表现出临床获益(PCR)。了解导致不同乳腺癌患者对该疗法应答或应答失败的生物学因素,对于开发治疗方法和选择治疗策略至关重要。

近期,Mayo Clinic的研究团队在2023美国肿瘤免疫治疗学会年会(The Society for Immunotherapy of Cancer, SITC)上发布了他们的一项早期研究,该研究选择利用了GeoMx IPA空间蛋白质组检测方案对早期HER2+/ER肿瘤的基质区域和肿瘤区域进行深度挖掘分析,初步发现了与治疗响应相关的生物标志物。

97ff00b0-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

研究概览

研究人员选择使用GeoMx IPA空间蛋白质组检测方案来评估早期 HER2+(IHC3+)/ER- 肿瘤的肿瘤区和基质区的空间蛋白质组表达特征。在该项试验中,研究人员分析了6个样本,包含3个对新辅助TCHP治疗响应的样本和3个对新辅助TCHP治疗无响应的样本,使用线性混合模型对不同样本不同区域的蛋白质组表达差异进行评估,以确定与TCHP治疗响应相关的蛋白表达特征,并评估治疗后仍有微小残留病灶(MRD)的样本的免疫微环境。

GeoMxIPA可以实现对组织中任何区域(如肿瘤区域、免疫交界区域、肿瘤微环境和正常基质区域等)中的570多种蛋白质进行空间原位的表达检测,快速发现新的蛋白质生物标记物和药物靶点。与传统的免疫组化或免疫荧光检测方法相比,利用GeoMxIPA可在每张组织切片获得更全面的生物信息

98086a74-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

9820689a-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

图 1, GeoMx DSP工作流程和研究样本的组织成像

涵盖570种蛋白靶标的GeoMxIPA免疫肿瘤空间蛋白质组检测方案能够深入分析这些蛋白的组织空间分布特征和表达丰度差异,提供了极具病理价值的分子信息,进而支持研究人员从新的视角了解与HER2+乳腺癌标准疗法的良好响应相关的蛋白质组特征,挖掘出具有临床应用(预测预后等)潜力的生物标志物,甚至开发新的治疗靶点,从而最大限度地提高新辅助TCHP的疗效。

983b60e6-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

不同治疗响应下肿瘤区和基质区的空间蛋白质组表达谱

9854e44e-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

987ad7e4-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

图 2, A).不同样本的组织形态学特征;B).在对所有样本AOI蛋白表达谱数据进行质控和归一化,继而进行无监督聚类分析。

空间蛋白质组学分析表明,对新辅助TCHP疗法响应的样本中,ERBB信号转导模式表现出显著特征

9891c562-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

98a9d7f6-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

98b98b1a-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

98c6c5dc-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

图 3, B). GSEA分析显示,对新辅助TCHP治疗有响应的样本中,ERBB信号特征明显富集;C). CK+和CK-组织中的差异表达;D). ERBB信号特征在应答者和非应答者中高度相关。

GeoMx空间蛋白质组数据与CosMx单细胞空间原位转录组学数据联合分析

98d8d1b4-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

98ed044a-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

99027938-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

991af1d4-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

992efddc-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

图 4, A). 使用 CosMx Human Universal Cell Characterization(CosMx UCC)1K RNA检测方案对样本进行检测。B). 带有形态学标记信息的肿瘤区和基质区的CosMx图像;C). CK+组织中的HER2蛋白表达(GeoMx IPA)与肿瘤细胞中的ERBB2 mRNA密切相关(CosMx UCC);D). 不同组织区域的差异表达。

GeoMxIPA空间蛋白质组检测方案

GeoMx IPA可以实现对组织中任何区域(如肿瘤区域、免疫交界区域、肿瘤微环境和正常基质区域等)中的570多种蛋白质进行空间原位的表达检测,快速发现新的蛋白质生物标记物和药物靶点。与传统的免疫组化(IHC)或免疫荧光(IF)检测方法相比,利用GeoMx IPA可在每张组织切片获得更全面的生物信息。同时GeoMx IPA同样采取了与组织学实验类似的工作流程,与您实验室中现有的组织学方案程无缝集成。

产品特点:

超多蛋白靶标,带来的是突破性的生物标志物发掘能力:在一张组织切片上检测超过570个人类蛋白靶标的原位表达信息;

全面覆盖77种癌症关键的功能途径;

RNA和蛋白共检实现真正的空间多组学检测,最大程度释放有限样本的无限价值:在一张组织切片上同时获取空间全转录组(GeoMx WTA)和空间蛋白组(GeoMx IPA)数据;

无损检测分析:柔和、稳定的生物化学原理极大程度减小了对组织样本的损伤;

经IHC验证的全面抗体目录,与您熟悉的免疫组化技术无缝集成;

支持灵活的定制方案:可以添加多达40个额外的蛋白质靶标。

9941b8fa-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.gif

GeoMx DSP空间多组学分析系统

99571f6a-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

GeoMx Digital Spatial Profiler(DSP)空间多组学平台结合了组织影像分析和原位定量技术,可在展示全局组织结构的基础上,进一步实现从复杂组织中对细胞亚群或特定结构的精准分析。在获得高分辨率的样本空间信息的同时实现高靶标蛋白(~570种蛋白质)和全转录组(~20000个基因)空间原位表达谱的精准获取。最新的DSP工作流程可以支持在一张组织切片上同时检测蛋白质和RNA的空间原位表达信息。GeoMx DSP兼容多种组织样本类型(如FFPE、新鲜冻存样本等),成为基础科研、转化医学研究和临床实践探究中强大有力的工具,使不同领域(如肿瘤学、免疫疾病、神经科学、药物研发等)的研究人员能够深入洞察组织微环境、功能亚结构、免疫系统作用机制和生物标志物发掘,满足不同阶段的研究和应用需求!

9969ede8-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.jpg

CosMx SMI单细胞空间原位成像系统

CosMx SMI是一个突破性的单细胞空间原位成像平台,结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力,能够对组织切片中6000种RNA和64种蛋白质分子进行单细胞和亚细胞分辨率的原位成像,支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。

众所周知,FFPE样本中的RNA和蛋白质通常质量较低,尤其是RNA往往降解严重,使得对于FFPE样本的分子检测分析极具挑战性。CosMx SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理,并能够兼容多种组织类型(如新鲜冷冻(FF)、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、组织芯片(TMA)、类器官等),在单细胞分辨率上实现RNA和蛋白质在组织细胞原位精细的可视化展示和精准的定量分析。

超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型,绘制单细胞空间图谱,详细展示细胞邻域和组织微环境,同时还支持细胞配受体检测,在真实的组织空间背景下推进您对细胞间相互作用、细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。

CosMx SMI应用包括:

单细胞空间图谱:发现不同细胞类型,绘制其组织空间定位;

差异表达分析:基于空间背景的单细胞转录组差异表达分析;

解析细胞状态和细胞功能;

细胞邻域分析:组织微环境的空间表型;

细胞通讯:配体-受体相互作用;

转录本和蛋白的亚细胞定位;

生物标志物的发现和验证。

99817972-a3c9-11ee-8b88-92fbcf53809c.png

SBC中心实验室

SBC中心实验室聚焦单细胞、空间多组学前沿技术,围绕基因组、表观组、转录组、蛋白组、代谢组和微生物组等多维组学研究,以国际一流水平的技术平台,二十余年专业经验的技术团队,打造创新产品服务体系,高效助力科学发现产品研发。中心始终以严谨的科学态度,坚持创新,服务国家重大战略任务,推动技术成果转化应用和带动产业集群发展。长期举办学术论坛专题研讨会、前沿技术培训,为数十家跨国制药企业和上千家国内科研机构、院校、医院提供系统全面一站式的科研与转化解决方案,日益发挥面向生物医药全行业功能效益和策源动力。

声明:本文内容及配图由入驻作者撰写或者入驻合作网站授权转载。文章观点仅代表作者本人,不代表电子发烧友网立场。文章及其配图仅供工程师学习之用,如有内容侵权或者其他违规问题,请联系本站处理。 举报投诉
  • 数据
    +关注

    关注

    8

    文章

    6786

    浏览量

    88705
  • 聚类分析
    +关注

    关注

    0

    文章

    16

    浏览量

    7398
  • 蛋白质
    +关注

    关注

    0

    文章

    25

    浏览量

    7970

原文标题:对新辅助TCHP治疗响应的HER2+乳腺癌空间蛋白质组特征

文章出处:【微信号:SBCNECB,微信公众号:上海生物芯片】欢迎添加关注!文章转载请注明出处。

收藏 人收藏

    评论

    相关推荐

    差示扫描量热仪测试蛋白质的应用案例

    过程中可能出现的吸热或放热峰,这些峰对应于角蛋白分子链的运动、微纤维的熔融、或蛋白质的变性等现象。    通过对比受延展和热处理前后的DSC曲线,研究人员可以了解这些处理对角蛋白复合物的热性质和结构稳定性的影响。例如,热处理可能
    的头像 发表于 10-09 15:45 104次阅读
    差示扫描量热仪测试<b class='flag-5'>蛋白质</b>的应用案例

    创客中国AIGC专题赛冠军天鹜科技:AI蛋白质设计引领者

    源自自然的蛋白质与现代科技的创新精神相结合,打造蛋白质设计与应用的新范式。”在江西南昌举办的第九届“创客中国”生成式人工智能(AIGC)中小企业创新创业大赛中,上海天鹜科技有限公司(下称“天鹜科技”)分享了这一理念。 天鹜科技是
    的头像 发表于 09-18 12:04 189次阅读
    创客中国AIGC专题赛冠军天鹜科技:AI<b class='flag-5'>蛋白质</b>设计引领者

    EvolutionaryScale推出基于NVIDIA GPU模型的新型蛋白质研究方案

    EvolutionaryScale 于 6 月 25 日发布了第三代 ESM 模型 ESM3,该模型可同时对蛋白质的序列、结构和功能进行推理,为蛋白质研发工程师提供了一个可编程的平台。
    的头像 发表于 08-23 16:45 579次阅读

    “本源悟空”真机应用之量子人工智能领域——乳腺钼靶检测应用

    乳腺钼靶检测应用世界卫生组织国际癌症研究机构此前发布的数据显示,乳腺癌现已成为全球发病率最高的恶性肿瘤,严重危害广大女性的身心健康。临床上通常会使用钼靶来筛查和诊断乳腺癌,其结果受到患者自身乳房致密
    的头像 发表于 07-12 08:23 235次阅读
    “本源悟空”真机应用之量子人工智能领域——<b class='flag-5'>乳腺</b>钼靶检测应用

    利用微流控探针诱导的化学质膜穿孔,实现单细胞胞内蛋白质递送

    将小分子、核酸、蛋白质和药物导入细胞是监测和了解细胞行为以及生物功能的重要途径。
    的头像 发表于 05-28 10:11 453次阅读
    利用微流控探针诱导的化学质膜穿孔,实现单细胞胞内<b class='flag-5'>蛋白质</b>递送

    一种基于可拉伸光子晶体的荧光传感阵列,用于卵巢癌早期诊断

    蛋白在细胞归巢、免疫识别、物质转运、蛋白质相互作用和细胞间信号传递等广泛的生命过程中发挥着重要作用,已被确定为卵巢癌、结肠癌、直肠癌、乳腺癌和肝癌等癌症诊断、临床治疗和预后评估的
    的头像 发表于 05-19 17:31 773次阅读
    一种基于可拉伸光子晶体的荧光传感阵列,用于卵巢癌早期诊断

    洪亮团队在生信期刊JCIM发布最新成果,蛋白质工程迈入通用人工智能时代

    发表最新研究成果:“基于微环境感知图神经网络构建指导蛋白质定向进化的通用人工智能”(Protein Engineering with Lightweight Graph Denoising Neural
    的头像 发表于 04-19 17:42 507次阅读
    洪亮团队在生信期刊JCIM发布最新成果,<b class='flag-5'>蛋白质</b>工程迈入通用人工智能时代

    谷歌携手医疗保健业推出AI驱动肺结核、肺癌及乳腺癌筛查

    其中,通过Gemini工具,有望从磨损的腕带上提取出能为个人健康分析提供数据支持的新功能。另外,谷歌已与印度医疗机构Apollo Radiology International联手开展AI驱动的肺结核、肺癌及乳腺癌筛查业务。
    的头像 发表于 03-20 11:00 652次阅读

    天府锦城实验室在生物传感与蛋白质测序领域取得重要进展

    3月10日,记者从天府锦城实验室(未来医学城)获悉,四川大学华西医院临床检验医学研究中心与生物治疗全国重点实验室、天府锦城实验室(未来医学城)耿佳教授和华西第二医院陈路教授联合团队在生物传感与蛋白质测序领域取得重要进展。
    的头像 发表于 03-17 09:10 864次阅读
    天府锦城实验室在生物传感与<b class='flag-5'>蛋白质</b>测序领域取得重要进展

    人工智能驱动蛋白质设计取得重大突破,人类健康和环境监测有望受益

     据华盛顿大学化学与生物工程系的David Baker教授透露,其领导的研究小组整合了深度学习算法和序列设计工具ProteinMPNN,从而实现了高效的蛋白质功能性设计。
    的头像 发表于 12-20 14:32 675次阅读

    LabVIEW进行癌症预测模型研究

    乳腺癌,不受核函数选择的限制。与MATLAB等传统编程语言相比,LabVIEW的块状编程更易于使用。通过LabVIEW创建的程序能够为医生提供准确、快速的诊断和治疗方案,有助于提高癌症的早期诊断和治疗
    发表于 12-13 19:04

    双水相电泳分离蛋白质的研究

      本文提出了一种新型的双水相电泳装1并进行了双水相电泳分离肌红蛋白和牛血清白蛋白和细胞色素C及其混合物的实验,研究了电场方向、pH值、电场强度和电泳时间对双水相萃取分离效果的影响,并与不加电场的双水相萃取的结果进行了比较。
    发表于 11-28 14:46 0次下载

    RT1021时钟配置异常怎么解决?

    RT1021在做两层板的时候,出现一个异常情况,背景如下: 我们使用的是RT1021 4A的型号+2M的圆博的2 M spi 闪光。 固件程序这边是移植了蛋白质。 程序由一级bootloader+app组成。
    发表于 11-13 06:13

    用一篇20+文献带你领略修饰学的魅力

    利用LC+MS/MS DIA,对拟南芥野生型、AEL过表达和功能缺失ael突变体进行磷酸化蛋白质定量检测及分析,获得因AEL上调而上调的磷酸化肽段3985条,分布在1032个蛋白质中。
    的头像 发表于 11-06 16:46 878次阅读
    用一篇20+文献带你领略修饰<b class='flag-5'>组</b>学的魅力

    DeepMind最新推出新一代蛋白质结构预测工具,已用于药物设计

    据悉,最新的 AlphaFold 系统由DeepMind及其衍生公司 Isomorphic Labs (专注于利用 AI 做药物发现)共同开发,不再局限于蛋白质折叠,还能够在配体、蛋白质、核酸以及
    的头像 发表于 11-03 15:39 770次阅读