据悉,斯坦福大学等研究机构的研究人员建立了一个名为Tabula Muris的开源数据库,收录了小鼠的多个细胞类型及其基因表达数据。这项成果于上周发表在《Nature》杂志上。
研究者利用荧光活化细胞分选(FACS)方法和微流体液滴捕获方法,从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞,并开展单细胞RNA测序。这些数据让人们能够比较各个细胞类型和组织间的基因表达,从而更深入地了解细胞多样性。
团队成员以三只雌性小鼠和四只雄性小鼠为研究对象,利用FACS方法分离出44,949个细胞,并利用微流体方法分离出55,656个细胞。为了确定细胞类型,研究人员独立分析每个器官,并使用聚类分析。
研究人员挑选出各个器官(包括脑、心脏、胰腺和胸腺等)的细胞,然后开展单细胞RNA测序,以获取每个细胞的转录组。研究人员指出,FACS方法和微流体方法在大量基因表达谱上基本一致。
之后,研究人员又利用t-SNE算法来观察各种器官的不同细胞类型之间的关系。他们发现,不同器官的细胞常常混在一起。他们还对每个组进行异质性评分,以评估它们是否由相关或不相关的细胞类型组成。
研究人员进一步发现,转录因子表达可以大致定义细胞类型。在用1,016个转录因子的平均表达来分类细胞时,他们发现此时产生的树状图与利用所有基因产生的树状图大体相似。当他们用细胞表面标志物或RNA剪接因子来重复此分析时,发现情况并非如此,表明转录因子能够更好地确定细胞类型。
研究人员认为,这种细胞图谱有助于细胞重编程。此外,小鼠的转录组图谱也有助于发现新的细胞类型,揭开不同细胞类型的基因表达,并比较各个器官的细胞。
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原文标题:Nature: 微流体液滴捕获方法助力小鼠细胞的开源数据库Tabula Muris
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