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1.危害的定义
“危害”的定义是：可影响食品安全性和质量（腐败）的不能接受的污物、细菌，或是食品中产生、存留的诸如毒素、酶或微生物的代谢产物等不能接受的物质。美国全国食品微生物限量咨询委员会（US-NACMCF）将“危害”定义为：“可导致食品不安全消费的生物、化学或物理的特性”。对低风险的和不大可能发生的危害不必进一步考虑。
国际食品微生物规范委员会（ICMSF）在危害的定义里将安全性和质量都包括进去。而美国全国食品微生物限量咨询委员会（US-NACMCF）只包括安全性。按CAC最新的表述，HACCP体系可用于控制产品的安全性和引起质量问题的所有方面。
2.危害的分类
食品中的危害从来源上来分，可分为与原料自身有关的和与加工/操作过程有关的危害：
1) 与原料自身有关的危害，如：农药残留、重金属等。
2) 与加工/操作过程有关的危害，如：交叉污染、杀菌不充分等。
食品中的危害从性质上来分，可分为生物性危害、化学性危害和物理性危害。
3.生物性危害
生物性危害包括：细菌、病毒、寄生虫、霉菌和酵母等。
细菌危害
细菌危害是指某些有害细菌在食品中存活时，可以通过活菌的摄入引起人体(通常是肠道)感染或预先在食品中产生的细菌毒素导致人类中毒。前者称为食品感染，后者称为食品中毒。由于细菌是活的生命体，需要营养、水、温度以及空气条件(需氧、厌氧或兼性)，因此通过控制这些因素，就能有效地抑制、杀灭致病菌，从而把细菌危害预防、消除或减少到可接收水平以符合规定的卫生标准。例如，控制温度和时间是常用的预防措施。
根据细菌有无芽孢分类，可分成菌和非芽孢菌。芽孢是细菌在生命周期中处于休眠阶段的生命体，相对于其生长状态下营养细胞或其他非芽孢菌而言，对化学杀菌剂、热力或其他加工处理具有极强的抵抗能力。处于休眠状态下的芽孢是没有危害的，但一旦食品中残留的致病性芽孢菌的芽孢在食品中萌发、生长，即会成为危害，使食品不安全。因此，对此类食品的微生物控制必须以杀灭芽孢为目标，显然用于控制芽孢的加工步骤要比控制非芽孢菌需要的条件要严格得多。