电源变换器的电磁兼容性设计上在输入端加EMI滤波器以减小输入反射纹波电压对航天器电源系统的影响，在输出端加滤波电路减小输出纹波和噪声对用电设备的影响，电源变换器脉宽调制器的振荡频率应尽量与负载设备的工作频率进行协调后选定。电源变换器内部的布线、隔离、接地都应以电气系统电磁兼容性原则为依据进行设计。